Der Regierungsbezirk Niederbayern ist von den unterschiedlichsten Landschaften geprägt. Von den Flußlandschaften der Donau, der Isar und des Inns, hin zu den höchsten Erhebungen des Bayerischen Waldes wie dem Arber.
Derzeit werden im Regierungsbezirk Niederbayern 9 wertvolle Gebiete betreut:
Arberregion
Ilztal
Isartal in Stadt und Landkreis Landshut
Mettenbacher-Grießenbacher Moos und nördliche Isarhangleite
Mündungsgebiet der Isar
Naturschutz- und FFH-Gebiet Donauleiten von Passau bis Jochenstein
Ramsargebiet Unterer Inn
Wiesenbrüter im Donautal (Niederbayern, Teile des Gebiets in der Oberpfalz)