Die größte Besonderheit des Gebietes ist die Große Hufeisennase, welche im Fledermaushaus Hohenburg ihr derzeit letztes Fortpflanzungsvorkommen in ganz Deutschland hat. Die intensive Betreuung, der Schutz ihrer wichtigsten Lebensstätten und die Entwicklung von geeigneten Jagdlebensräumen hat dazu geführt, dass die Kolonie in den vergangenen Jahren deutlich angewachsen ist und nun auch schon wieder andere Teile des Oberpfälzer Jura und der Frankenalb mit Einzeltieren besiedelt. Die Juralandschaft mit ihren Felslebensräumen und Höhlen bietet nicht nur überwinternden Fledermäusen einen wichtigen Teillebensraum, sondern ist auch Heimat weiterer besonderer Felsbewohner, wie dem Wanderfalken, dem Uhu und auch so besonderen Pflanzenarten wie dem Dreimännigen Zwerglungenmoos oder dem Immergrünen Felsenblümchen. Hier ist eine entsprechende Lenkung menschlicher Freizeitnutzung wichtig, um diese oftmals nur an wenigen Stellen vorkommenden Arten zu erhalten. In den großen Waldgebieten, insbesondere in den lichten Kiefernwäldern, haben sich auch noch bedeutsame Vorkommen verschiedener Waldflederarten erhalten, die aber überwiegend in alten Vogelkästen und neu dazu gehängten Fledermauskästen siedeln. Hier gilt es, gemeinsam mit den Waldeigentümern Waldbestände mit einem ausreichenden Quartierangebot zu entwickeln, um die hier lebenden Arten und Populationen zu erhalten. Die großen Wälder des nördlichen und östlichen Landkreises mit den darin liegenden Feuchtgebieten und Weihern bieten einigen seltenen Arten, wie dem Schwarzstorch, dem Seeadler, der Wildkatze, der Kreuzotter und dem Moorfrosch geeignete Rückzugsräume.